Metroid: Zero Mission, joka julkaistiin Game Boy Advancelle vuonna 2004, on pohjia myöten uusittu versio vuoden 1986 NES-alkuperäisestä, joka aloitti sarjan. Se kuvittelee uudelleen Samus Aranin ensimmäisen laskeutumisen Zebes-planeetalle käyttäen Metroid Fusionin hiottua pelimoottoria ja suunnittelufilosofiaa, ja antaa alkukantaiselle alkuperäispelille modernin pintasilauksen — yksityiskohtaiset spritet, kunnollisen karttajärjestelmän ja sulavat, tarkat kontrollit, joita NES-versiossa ei koskaan ollut.

Se on enemmän kuin suora uusintaversio, sillä se laajentaa tarinaa. Tutun Mother Brainin kukistamiseen tähtäävän jahdin jälkeen peli jatkuu täysin uuteen osioon, jossa haarniskastaan riisutun Samuksen on selviydyttävä hiiviskellen ennen voimiensa takaisin saamista — aidosti jännittävä käänne, joka asettaa koko seikkailun uuteen valoon. Sarjan tunnetuksi tekemä tutkimusvetoinen rakenne on tässä helpoiten lähestyttävässä muodossaan: lukitut alueet, jotka avautuvat uusia kykyjä kerätessä, joka nurkkaan kätketyt piilotetut parannukset ja tyydyttävä paluureittien kolumisen kierre uusin työkaluin.

Nintendo R&D1:n kehittämää peliä pidetään laajalti yhtenä GBA:n parhaista ja ihanteellisena sisäänheittona 2D-Metroidiin. Se kunnioittaa alkuperäisen suunnittelua hioen samalla sen rosoisuudet pois, ja se on yhä loistava taskukokoinen seikkailu.